Der Fachbereich Informatik der Hochschule Bonn-Rhein-Sieg wurde zum Wintersemester 1996/97 gegründet. Mit der Gründung wurde gleich der Studienbetrieb mit dem Diplom-Studiengang Angewandte Informatik/Kommunikationstechnik begonnen. Er war zunächst auf dreihundert Studierende ausgelegt, diese Zahl wurde 1999 auf fünfhundert erhöht. Der Fachbereich hat regulär 25 Professuren, zwei Honorarprofessuren sowie drei Professuren, die aus der Stiftung Bonn-Aachen International Center for Information Technology (b-it) finanziert werden. Die Anzahl der regulären Stellen für wissenschaftliche Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter beträgt zwölf, zwei weitere Stellen werden durch b-it finanziert. Nach dem Durchgang eines ersten Jahrgangs hat der Fachbereich Informatik zusammen mit Studierenden den Diplom-Studiengang einer kritischen Prüfung unterzogen.
Dies fand gleichzeitig mit der beginnenden Diskussion über die Einführung von Bachelor und Master-Studiengängen statt. Der Fachbereich hat dann beschlossen, mit dem
Wintersemester 2001/02 keine Studierenden mehr in den Diplom-Studiengang aufzunehmen, sondern anstelle dessen einen konsekutiven Bachelor- und Master-Studiengang in Computer Science anzubieten. Weiterhin bietet der Fachbereich Informatik gemeinsam mit den Fachbereichen Wirtschaft in Sankt Augustin und Rheinbach einen Bachelorstudiengang Business Information Systems sowie in Kooperation zwischen dem Institut für Intelligente Analyse- und Informationssysteme der Fraunhofer Gesellschaft Sankt Augustin (FhG-IAIS) den Master-Studiengang Autonomous Systems an.